一般认为，红眼病具有自限性，而且合并细菌感染不常见。因此，对于红眼病，目前尚无特效药物，主要是局部滴用抗病毒眼药水，常用的有0.1%三氮唑核苷(利巴韦林)、阿昔洛韦(Aciclovir)、碘苷（idoxuridine)、羟苄唑(hydrobenzole)、吗啉胍(Moroxydine)等。但其效果很难确定。
那么，抗生素能治疗红眼病吗？对此，医学专家指出，在无合并细菌感染时，一般不主张使用抗生素。更为重要的是，一些眼药水的预防作用不能确定，且共用眼药水，容易造成交叉感染，不宜采用集体滴眼药水的办法进行预防。家庭中，也应该每个人的眼药水单独使用，避免交叉感染。因此，无论轻症还是重症红眼病患者，没有合并细菌感染，都不应该使用抗生素滴眼液，口服抗生素就更没有道理了。
虽然，有人认为干扰素对本病有一定的治疗价值，但有人有不同意见。因此，滴眼液对于治疗该病的效果是不能确定的，而且滴滴眼液本身，就是传播红眼病的危险动作，所以，应该谨慎推荐患者使用滴眼液，而预防则更没有必要用滴眼液了，相反，不当使用滴眼液，很可能还会导致容易感染该疾病。应该慎用。
预防红眼病，最重要的措施就是隔离病人，以及注意消毒措施，必要时可以关闭公共浴室、游泳池和理发店，减少传播的几率。
红眼病的病原体是肠道病毒，对于酸性环境和一般的消毒措施有一定的抵抗力，洗涤被污染的物品及手等时消毒不彻底，仍可造成疾病的传染，因此，其流行期间，很多家庭会出现全或无的表现，要么不感染，如果感染就是全家感染。所以，对于可能污染的物品，如果耐热的，应该煮沸消毒，不耐热的及人体表面，可以采取75%的酒精浸泡来消毒。
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