黄连素是一种常见的中成药，临床上主要用于治疗细菌性痢疾和肠胃炎。现代医学研究证明，黄连素的作用并不仅限于此。黄连素还具有显著的抗心力衰竭、抗心律失常、降低胆固醇、抗制血管平滑肌增殖、改善胰岛素抵抗、抗血小板、抗炎等作用。
黄连素是一种重要的生物碱，可从黄连、黄柏、三颗针等植物中提取，它具有显著的抑菌作用。对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。
用中医学解释，此类药物性凉，能清除邪热或虚热，清除有害毒物，自古以来就是中医手中的一味清热解毒良药。通常每次口服0.1~0.5克，每日三次。
另外，黄连素除了口服之外，还可以外用，治疗多种疾病，比较常见的用法有如下几种：
复发性口腔溃疡：每次漱口后，将无味黄连素药末敷在溃疡面上，每日3－4次，疗程不超过4日；或取黄连素3克、冰片1克，共研为细末，与猪胆汁调匀外搽患处，早、晚各1次。
化脓性中耳炎：用黄连素配成的滴耳液，加0.2毫升消痔灵注射液和匀滴耳，每日5次，连用5－7日。
脓疱疮：黄连素10片，溶于200毫升水中，较大脓疱疮可用注射器抽液，并去掉表皮，再用黄连素溶液洗患处，每日2次，患处用黄连素液湿敷，每日2－3次，连用2－3天。
痱子：黄连素1克，溶于300毫升温水中洗浴，每日早、晚各1次，连用1－2天。
小儿痄腮：黄连素5片，研为细末，加大黄粉10克，和匀，清水适量调为稀糊状，外敷双足心涌泉穴，每日换药1次，连用3－5天。
小儿疖肿：黄连素5片，研为细末，加大黄粉、蒲黄粉、水飞硫磺各5克，和匀，清水调为稀糊状，外涂，每日3－5次，连用5日。
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